我的电脑内部有一千多个生物信息学多组学数据处理干系的r包あすか最新番号，最近三五年基本上莫得何如装配过新的包，关联词最近在一个新电脑内部进行视频号直播的时候发现底下的代码读取cel文献容颜的affymetrix抒发量芯片的时候其实是会自动装配一个包：

library(oligo) celFiles <- list.celfiles('../cel_files/',listGzipped = T,                          full.name=TRUE) exon_data <- oligo::read.celfiles( celFiles ) 

如下所示：

> celFiles [1] "../cel_files//GSM756992_KS1-HG_U133A_2-2757.CEL.gz" [2] "../cel_files//GSM756993_KS1-HG_U133A_2-2871.CEL.gz" [3] "../cel_files//GSM756994_KS1-HG_U133A_2-2901.CEL.gz" [4] "../cel_files//GSM756995_KS1-HG_U133A_2-2905.CEL.gz" Loading required package: pd.hg.u133a.2Attempting to obtain 'pd.hg.u133a.2' from BioConductor website.Checking to see if your internet connection works...'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see'help("repositories", package = "BiocManager")' for details.Replacement repositories:    CRAN: https://cran.rstudio.com/

假如你不使用bioconductor的镜像关联词你又在中国大陆地区，就会遭逢底下的报错；

试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.17/data/annotation/src/contrib/pd.hg.u133a.2_3.12.0.tar.gz'Content type 'application/gzip' length 9843108 bytes (9.4 MB)downloaded 6.3 MBError in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :   download from 'https://bioconductor.org/packages/3.17/data/annotation/src/contrib/pd.hg.u133a.2_3.12.0.tar.gz' failed此外: Warning messages:1: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :  downloaded length 0 != reported length 02: In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) :  URL 'https://mghp.osn.xsede.org/bir190004-bucket01/archive.bioconductor.org/packages/3.17/data/annotation/src/contrib/pd.hg.u133a.2_3.12.0.tar.gz': status was 'Transferred a partial file'Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available,  :  下载递次包'pd.hg.u133a.2’时出了问题载入需要的程辑包：pd.hg.u133a.2There was a problem during download or installation.Package 'pd.hg.u133a.2' cannot be loaded. Please, try again.Error in oligo::read.celfiles(celFiles) :   The annotation package, pd.hg.u133a.2, could not be loaded.此外: Warning message:In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :  不存在叫'pd.hg.u133a.2’这个名字的程辑包

在中国大陆，其实网罗问题相等恶心的，下载一个 (9.4 MB)的包需要三五年的手艺，并且能够率会失败，比如我上头就只是是下载了 6.3 MB 是一个不完好的包，是以装配会失败。这个时候需要开荒一下手艺问题：

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getOption('timeout')options(timeout=10000)

就算是这么，大家也不成能说去恭候三五年去装配一个r包，是以就需要镜像匡助你。假如你使用了传统的镜像地址，等于咱们一直推选的清华大学的镜像：

rm(list = ls()) options()$repos options()$BioC_mirror#options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/")options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))options()$repos options()$BioC_mirror

会发现あすか最新番号，仍然是会报错，如下所示：

载入需要的程辑包：pd.hg.u133a.2Attempting to obtain 'pd.hg.u133a.2' from BioConductor website.Checking to see if your internet connection works...'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories",package = "BiocManager")' for details.Replacement repositories:    CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/Warning: 无法在貯藏處http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/bioc/src/contrib中读写索引:  无法大开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/bioc/src/contrib/PACKAGES'Warning: 无法在貯藏處http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/data/annotation/src/contrib中读写索引:  无法大开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/data/annotation/src/contrib/PACKAGES'Warning: 无法在貯藏處http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/data/experiment/src/contrib中读写索引:  无法大开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/data/experiment/src/contrib/PACKAGES'Warning: 无法在貯藏處http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/workflows/src/contrib中读写索引:  无法大开URL'http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor//packages/3.17/workflows/src/contrib/PACKAGES'Package 'pd.hg.u133a.2' was not found in the BioConductor repository.The 'pdInfoBuilder' package can often be used in situations like this.Error in oligo::read.celfiles(celFiles) :   The annotation package, pd.hg.u133a.2, could not be loaded.

若是大家大开上头的URL就会发现是；404 Not Found nginx/1.22.1 ，因为清华大学当前运行量入为出资源了，别说是3.17了，哪怕是3.18皆不是主要的径直下载，当前（2024年05月26日 ）能径直下载的 是 3.19，并且需要相助4.4版块的r，而我的电脑如故4.3，是以就很莫名。咱们的马拉松助教团队给大家整理了这个问题：

阐述 Bioconductor 的安排，在 5 月 15 日，3.18 及此前版块的干统共据也曾被存档，并从其同步开始中被移除。为粗略镜像站磁盘空间，清华源等也相应移除了这些文献。若是大家当前使用的R言语是 4.3 ，Bioconductor 版块是 3.18 ，那么使用 BiocManager::install 的时候可能会报错 Warning: unable to access index for repository *** ，cannot open URL ***

咱们检察一下 ：https://new.bioconductor.org/about/mirrors/ 官方网站，发现bioconductor有新的镜像遴荐啦，如下所示的开荒：

options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")

不错看到就凯旋了：

试开URL’https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor/packages/3.17/data/annotation/src/contrib/pd.hg.u133a.2_3.12.0.tar.gz'Content type 'application/gzip' length 9843108 bytes (9.4 MB)downloaded 9.4 MB* installing *source* package 'pd.hg.u133a.2' ...** using staged installation** R** data** inst** byte-compile and prepare package for lazy loading** help*** installing help indices** building package indices** testing if installed package can be loaded from temporary location** testing if installed package can be loaded from final location** testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (pd.hg.u133a.2)下载的递次包在 'C:\Users\jimmy\AppData\Local\Temp\RtmpS0j9qK\downloaded_packages’里载入需要的程辑包：pd.hg.u133a.2载入需要的程辑包：RSQLite载入需要的程辑包：DBIPlatform design info loaded.

关联词这个并不是暂劳永逸的措置有计算，因为西湖大学也有可能会把 bioconductor的 3.18以 及此前版块的干系bioconductor包文献数据存档，并从其同步开始中被移除，为粗略镜像站磁盘空间。

另外一个措置有计算，等于手动找到每个包的具体地址，使用底下的代码 ：

install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/release/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.3.tar.gz",type = 'source',repos = NULL)

不错看到清华大学内部的包如故好多：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/packages/release/data/annotation/src/contrib/ ，每个具体的包皆不错右键复制粘贴它们的真实下载地址哦：

图片

清华大学内部的包如故好多文末友情宣传

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